转录组是特定组织或细胞在某个时期转录出的所有RNA的总和,有些时候特指总的mRNA,是研究基因表达的重要工具之一。
我们通过提取样本总RNA,建立(非)链特异性文库、测序,将序列比对到参考基因组上,进行基因定量、新转录本预测、可变剪切分析、差异表达分析及GO/KEGG富集,构建基因表达网络和分子标记开发等。
主要分析:有参考基因组的物种
测序平台:Illumina HiSeq Xten (小片段PCR-free文库,~300bp);
PacBio Sequel;
Kukurba K R, Montgomery S B. RNA Sequencing and Analysis[J]. CSH Protocols, 2015, 2015(11).
Omeara C C, Wamstad J A, Gladstone R, et al. Transcriptional Reversion of Cardiac Myocyte Fate During Mammalian Cardiac Regeneration[J]. Circulation Research, 2015, 116(5): 804-815.