生信小帮手

文献检索


pubmed

PubMed是一个免费的搜索引擎,主要访问MEDLINE数据库,其中包括生命科学和生物医学主题的参考文献和摘要。


Europe PubMed Central

欧洲PMC是一个免费在线数据库,可以获取大量不断增长的生物医学研究文献。


Bing academic

微软必应学术,一个在线学术搜索引擎。


序列分析


Basic Local Alignment Search Tool

BLAST将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较,并计算统计显着性,进而发现生物序列之间的相似区域。


Biosequence analysis using profile hidden Markov Models

HMMER 网络服务器,基于隐马尔科夫模型,进行快速和灵敏的生物序列同源搜索,其结果直观且可交互。


Multiple Sequence Alignment

Clustal Omega是一种新的多序列比对程序,它使用种子引导树和HMM轮廓图技术生成三个或更多序列之间的比对。

数据转换


Retrieve/IDMapping

UniProt提供检索相应的条目以便下载或者在线分析,还可将不同类型的标识符转换为UniProt标识符,反之亦然,并下载相关列表。


Retrieve/IDMapping

EMBOSS Seqret读取和写入(返回)序列,包括从数据库中对序列提取、显示和重新格式化,也可以产生序列的反向互补序列、序列大小写转换或上述功能的任何组合。

功能注释


Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery

DAVID是一个注释、可视化和集成发现数据库,其提供了一套全面的功能注释工具,供研究人员了解大量基因背后的生物学意义。


a web server for gene/protein functional annotation (Annotate module) and functional gene set enrichment(Enrichment module)

KOBAS 3.0是用于基因/蛋白质功能注释和功能基因集富集的Web服务器。


GhostKOALA

GhostKOALA针对非冗余的KEGG GENES集合,通过GHOSTX搜索将KO标志符分配给用户的序列数据。


gene ontology

GO联盟的使命是开发一个从分子到代谢通路、细胞甚至生物体水平的最新的、全面的生物系统计算模型。


genome-wide functional annotation

eggNOG-mapper是一个使用预先计算的eggNOG簇和系统发育的快速同源赋值的方法,对大量序列进行功能注释的工具。


Find Reactions, Proteins and Pathways

REACTOME是一个开源的代谢通路数据库,其目标是对通路知识的可视化、解释和分析提供直观的生物信息学工具。


Protein-Protein Interaction Networks

STRING数据库是Jensen实验室、欧洲分子生物学实验室和苏黎世大学的团队合作开发的,旨在通过合并大量蛋白质 - 蛋白质关联数据(包括已知和预测的),进而收集和整合蛋白质在细胞层面的功能信息。

综合数据库


Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery

BIG数据中心隶属于中科院北京基因组研究所,旨在提供生命和健康科学的多种资源,促进基础研究和产业应用。

引物设计


Finding primers specific to your PCR template (using Primer3 and BLAST)
Primer3
a useful tool for primer-design for any DNA template and especially for bisulfite-treated genomes

To design primers around SNPs
To create primers around the Open Reading Frame of cDNAs
For overlapping PCR products in large sequences

To design siRNAs for silencing gene expression