生态上重要的途径，例如氮循环中的关键功能基因，能够提供关于群落组成和功能富集的重要见解。与常规的16S/18S rDNA微生物多样性分析相比，基于关键功能基因的生物群落分析及其功能富集分析避免了基因多拷贝给物种相对丰度分析造成的干扰。
我们通过对环境样本某一功能基因片断（长度小于400bp）进行PCR和测序，与数据库（含有非冗余的、注释信息详细、具有代表性的Nifh蛋白序列5,315条）进行比对，对序列进行功能注释和物种信息注释，进行样本多样性分析、物种相对丰度分析、系统进化分析、CCA/RDA分析等等。
主要分析：环境样本
测序平台：Illumina HiSeq 2500 (小片段PCR-free文库，~450bp)
分析优势：基于数据库中5k+的Nifh蛋白序列，我们的分析可以达到物种层级
分析流程
例图1、不同样本的稀释度曲线
例图2、基于nifH蛋白相似性的NMDS分析
例图3、基于nifH基因序列的物种相对丰度分析
例图4、根据nifH蛋白序列构建的NJ树
参考文献
Xiao P, Jiang Y, Liu Y, et al. Re-evaluation of the diversity and distribution of diazotrophs in the South China Sea by pyrosequencing the nifH gene[J]. Marine and Freshwater Research, 2015, 66(8): 681-691.
Rahav E, Shunyan C, Cui G, et al. Evaluating the Impact of Atmospheric Depositions on Springtime Dinitrogen Fixation in the Cretan Sea (Eastern Mediterranean)—A Mesocosm Approach[J]. Frontiers in Marine Science, 2016.